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La Junta Suprema Central fue un órgano formado en septiembre de 1808 que acumuló los poderes ejecutivo y legislativo españoles durante la ocupación napoleónica de España. En ella había representantes de las Juntas que se habían formado en las provincias españolas. La Junta que se formó en la provincia de Sevilla el 27 de mayo de 1808 se llamó en un comienzo Junta Suprema de España e Indias y tuvo un papel importante en la resistencia militar del sur de España, así como en la comunicación con Inglaterra y con las colonias americanas. La Junta Suprema Central pasaría a llamarse en 1810 Consejo de Regencia de España e Indias.
En virtud del Tratado de Fontainebleau (1807), para invadir Portugal y repartirlo entre Francia y España, las tropas francesas entraron en la península ibérica, tomando el control del país. La presencia de tropas francesas en España, sin embargo, siguió aumentando y el pueblo comenzó a observarlas como algo amenazante, pues en lugar de continuar transitando hacia Portugal fueron ocupando, sin ningún respaldo del Tratado, diversas localidades como Burgos, Salamanca, Pamplona, San Sebastián, Barcelona o Figueras. El total de soldados franceses acantonados en España ascendía a unos 65 000, que controlaban no solo las comunicaciones con Portugal, sino también con Madrid, así como la frontera francesa.
Algunos autores no descartan la idea de un tratado oculto, del que no hay prueba alguna, por el que Manuel Godoy ya conocería que, según los planes del emperador, 100 000 soldados franceses ocuparían España. Esta ocupación «amistosa», no obstante, terminó por alarmar al propio Godoy. En marzo de 1808, temiéndose lo peor, la familia real se retiró a la localidad de Aranjuez para, en caso de necesidad, seguir camino hacia el sur, hacia Sevilla, después hacia Cádiz y, finalmente, embarcarse para América, como ya había hecho el Príncipe Regente de Portugal.
El 17 de marzo de 1808 se produjo el Motín de Aranjuez, que provocó la caída de Godoy, la abdicación de Carlos IV y la subida al trono de Fernando VII. Madrid fue ocupada por las tropas francesas del mariscal Murat (23 de marzo), que fue recibido por Fernando como aliado, confiando todavía en que Napoleón cumpliría el Tratado de Fontainebleau.
Pero el emperador ya había advertido que en España existía un claro vacío de poder político, pues tanto Carlos como Fernando acudían a él para pedir apoyo a sus respectivas pretensiones, a lo que hay que añadir la ventaja militar que le otorgaba la ocupación de numerosas plazas españolas por las tropas imperiales y la salida de las tropas españolas hacia Portugal. Tras convocar a padre e hijo a Bayona, adonde llegó Fernando el 20 de abril (dejando en Madrid como su representante a una Junta de Gobierno), y sus padres, Carlos IV y María Luisa de Parma, el 30 de abril, obtuvo de ellos la abdicación a su favor, el 5 de mayo de 1808, tras lo cual cedió la Corona a su hermano José I Bonaparte. Posteriormente, Fernando VII y su padre Carlos IV fueron retenidos por Napoleón y, posteriormente, llevados al Castillo de Valençay