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La ocupación francesa de la metrópoli en 1808 desencadenó en Nueva España una crisis política que desembocó en el movimiento armado. En ese año, el rey Carlos IV y Fernando VII abdicaron sucesivamente en favor de Napoleón Bonaparte, que dejó la corona de España a su hermano José Bonaparte. Como respuesta, el ayuntamiento de México —con apoyo del virrey José de Iturrigaray— reclamó la soberanía en ausencia del rey legítimo; la reacción condujo a un golpe de Estado contra el virrey y llevó a la cárcel a los cabecillas del movimiento.
A pesar de la derrota de los criollos en la Ciudad de México en 1808, en otras ciudades de Nueva España se reunieron pequeños grupos de conjurados que pretendieron seguir los pasos del ayuntamiento de México. Tal fue el caso de la conjura de Valladolid, descubierta en 1809 y cuyos participantes fueron puestos en prisión. En 1810, los conspiradores de Querétaro estuvieron a punto de correr la misma suerte pero, al verse descubiertos, optaron por tomar las armas el 16 de septiembre en compañía de los habitantes indígenas y campesinos del pueblo de Dolores (Guanajuato), convocados por el cura Miguel Hidalgo y Costilla.
A partir de 1810, el movimiento independentista pasó por varias etapas, pues los sucesivos líderes fueron puestos en prisión o ejecutados por las fuerzas leales a España. Al principio se reivindicaba la soberanía de Fernando VII sobre España y sus colonias, pero los líderes asumieron después posturas más radicales, incluyendo cuestiones de orden social como la abolición de la esclavitud. José María Morelos y Pavón convocó a las provincias independentistas a conformar el Congreso de Anáhuac, que dotó al movimiento insurgente de un marco legal propio. Tras la derrota de Morelos, el movimiento se redujo a una guerra de guerrillas. Hacia 1820, solo quedaban algunos núcleos rebeldes, sobre todo en la sierra Madre del Sur y en Veracruz.
La rehabilitación de la Constitución de Cádiz en 1820 alentó el cambio de postura de las élites novohispanas, que hasta ahí habían respaldado el dominio español. Al ver afectados sus intereses, los criollos monarquistas decidieron apoyar la independencia de Nueva España, para lo cual buscaron aliarse con la resistencia insurgente. Agustín de Iturbide dirigió el brazo militar de los conspiradores, y a principios de 1821 pudo encontrarse con Vicente Guerrero. Ambos proclamaron el Plan de Iguala, que convocó a la unión de todas las facciones insurgentes y contó con el apoyo de la aristocracia y el clero de Nueva España. Finalmente, la independencia de México se consumó el 27 de septiembre de 1821.