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Considerado con el río Grande de Santiago (562 km), el río que drena el lago de Chapala, el sistema fluvial Lerma-lago Chapala-Santiago, es el segundo río más largo de México, con 1 281 km (562km + 11km + 708km) si se considera desde su nacimiento hasta la desembocadura en el océano Pacífico.
La importancia del río Lerma estriba en que es un recurso natural básico para las actividades humanas, y también en que sirve como fuente de energía eléctrica que surte a la ciudad de México con 79.000 k3 y también provee agua potable por un acueducto que atraviesa la sierra de las Cruces3.
Por otra parte, se utiliza para riego de los cultivos de las zonas agrícolas situadas en sus márgenes. Como ejemplo, tenemos el Valle de Santiago en el estado de Guanajuato, o el Valle de La Barca en el estado de Jalisco, donde se conforma uno de los distritos de riego más importantes de México, el cual ocupa un lugar importante dentro de las zonas agrícolas del país. Asimismo, es hábitat de peces comestibles, que son aprovechados por el hombre de estas regiones.
En su paso por las cercanías de La Piedad, Michoacán, forma una majestuosa cascada llamada "El Salto". Sin embargo, la mayor parte de sus aguas están contaminadas por ser utilizado como canal receptor de desecho por las ciudades y zonas industriales de Toluca y Salamanca, recordando que en esta última existe una refinería de petróleo. Aunado a lo anterior, se agrega la contaminación que tiene su origen en el lavado de las tierras de cultivo. El tratamiento de aguas negras podría ayudar a resolver parte de este problema. El problema es que ni el gobierno local ni el sector industrial hacen nada al respecto, a pesar de luchas civiles de años. En época de precipitaciones pluviales el arrastre de desperdicios aumenta el riesgo de desborde del río; lo que ha afectado a los habitantes de las poblaciones asentadas en sus márgenes, principalmente la de San Mateo Atenco.4 La contaminación del agua afecta no únicamente a animales que habitan en los ríos contaminados como el Lerma, sino también a organismos que dependen de éstos como alimento.