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Una de las causas de la intervención francesa en México fue la suspensión del pago de la deuda externa de México. Las potencias acreedoras, España e Inglaterra además de Francia, apoyadas por los acreedores internos del gobierno mexicano, decidieron ocupar el territorio nacional, aunque las dos primeras finalmente desistieron del propósito.
Las escisiones entre los liberales imposibilitaron una adecuada defensa de la nación. Particularmente enconada fue la disputa entre González Ortega, entonces presidente de la Suprema Corte, y Juárez, quien había decidido prolongar su mandato presidencial, violando la Constitución.
Los liberales organizaron la resistencia contra los franceses y conservaron el control del estado hasta febrero de 1864, cuando éstos ocuparon la capital. Franceses y conservadores se aliaron contra los liberales —dirigidos por González Ortega— quienes fueron obligados a huir a Fresnillo y luego del estado.
La contraofensiva liberal inició en 1866, bajo la dirección de Miguel Auza en el norte, y Trinidad García de la Cadena junto con los hermanos Sánchez Román en el sur. Después del triunfo de Mariano Escobedo en Coahuila sobre los franceses, Juárez ordenó a Auza recuperar Zacatecas, establecer un gobierno provisional, reorganizar el ejército y fabricar armamento. Funcionarios y ejército imperiales huyeron a Aguascalientes.
El triunfo del ejército liberal sobre los franceses significó la derrota del proyecto de nación enarbolado por los conservadores, quienes —aliados con Maximiliano— realizaron el último intento por alcanzar el poder. El significado de esta derrota fue aún más profundo: representó el autorreconocimiento de los mexicanos frente al enemigo y como integrantes de una nación única y distinta a otras; parecía que por fin México había nacido luego de un alumbramiento difícil, lleno de obstáculos.