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Mario Vargas Llosa nació en el seno de una familia de clase media en la ciudad de Arequipa, en el sur del Perú en 1936.3 Fue el único hijo de Ernesto Vargas Maldonado (Lima, 1905 - ?) y de su esposa (Arequipa, 4 de junio de 1935) Dora Llosa Ureta (Arequipa, 1914 - ?), quienes se separaron meses antes de su nacimiento3 para divorciarse luego del mismo, de mutuo acuerdo.4 Poco después de que Mario naciera, su padre reveló que tenía una relación con una mujer alemana y como resultado de dicha unión, nacieron dos medios hermanos menores del escritor: Enrique y Ernesto Vargas5 (el primero falleció de leucemia a los once años de edad; el segundo es abogado y ciudadano estadounidense).6 Su padre era el único hijo de Marcelino Vargas y de su primera mujer Zenobia Maldonado, fallecida en 1925. Su abuelo paterno se casó por segunda vez con Constanza Serpa y tuvieron ocho hijos e hijas (Manuel Vargas Serpa, Ana Vargas Serpa, Rosa Vargas Serpa, Yolanda Vargas Serpa, Humberto Vargas Serpa, Ortencia Vargas Serpa, María de Lourdes Vargas Serpa y Orlando Vargas Serpa). Su madre era hija de Pedro Llosa y Bustamante y de su esposa María del Carmen Ureta Vargas.
En Lima estudió en el Colegio La Salle, de la congregación Hermanos de las Escuelas Cristianas,19 cursando el sexto grado de primaria en 1947, y los dos primeros años de secundaria de 1948 a 1949. La relación con su padre, siempre tortuosa, marcaría el resto de su vida. Por años, guardó hacia él sentimientos entremezclados, como el temor y el resentimiento, debido a que durante su niñez debió soportar violentos arrebatos de parte de su padre, además de un resentimiento hacia la familia Llosa y grandes celos para con su madre pero, sobre todo, a causa de la repulsión de su padre por su vocación literaria, que nunca llegó a comprender.20
A los 14 años, su padre lo envió al Colegio Militar Leoncio Prado, en el Callao, un internado donde cursó el 3º y el 4º año de educación secundaria, entre 1950 y 1951. Allí soportó una férrea disciplina militar y, según su testimonio, fue la época en la que leyó y escribió «como no lo había hecho nunca antes», consolidando así su precoz vocación de escritor.21 Sus lecturas predilectas fueron las novelas de los escritores franceses Alejandro Dumas y Victor Hugo. Entre sus profesores figuró el poeta surrealista César Moro, quien por un tiempo le dio clases de francés.22
En 1983 su ex esposa Julia Urquidi publicó sus propias memorias tituladas Lo que Varguitas no dijo en respuesta a la novela La tía Julia y el escribidor, basada en parte en la relación entre ambos,44 que fueron reeditadas en 2010.45
En junio de 2015, después de que la revista ¡Hola! publicara unas fotos en las que Vargas Llosa aparece con Isabel Preysler,46 el escritor reconoció estar separado de su segunda esposa, y pidió respeto por su vida privada.47 Vargas Llosa se divorció de Patricia Llosa en 2016.48