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Una de las principales formas de empleo de la fuerza de trabajo de los indígenas americanos por parte de los españoles fue la que se conoce como encomienda. Era una institución que establecía que un castellano, conocido como encomendero, tenía a su disposición un pueblo de indios con sus caciques para que le pagasen tributos y le sirvieran. La figura del cacique o personaje principal de los poblados era muy importante porque solía ser el intermediario entre el encomendero y los indios, especialmente en la cuestión de los tributos.
En territorios dependientes directamente de la Corona también hubo encomiendas, que eran administradas por los corregidores y oficiales del rey. Los indios encomendados pagaban sus tributos y trabajaban en las obras públicas, en la construcción de edificios públicos como cabildos, cárceles, audiencias, catedrales e iglesias. También ejercieron tareas de servicio doméstico para las autoridades, aunque estaba terminante prohibido.
Las obligaciones de los indios encomendados no terminaban con el tributo y el servicio. También sostenían al clero secular y, sobre todo al regular, que se dedicaba a adoctrinarles en la fe católica en los grupos denominados “Doctrinas”. Los indígenas debían aportar bienes y servicios, pero también lo hacían a través de los encomenderos que, al estar obligados a levantar y mantener las iglesias de sus encomiendas, empleaban a los indios.
La cuantía del tributo y los límites del servicio tardaron en ser regulados por las autoridades, por lo que quedaron al arbitrio de cada encomendero, dándose todo tipo de situaciones.
La institución de la encomienda condujo a no pocos abusos, ya que en muchos casos encubría una esclavitud que legalmente estaba prohibida. Pero muy pronto se alzaron voces que denunciaron estos abusos. Entre los más activos críticos de la encomienda estuvieron Fray Montesinos y Fray Bartolomé de las Casas, que pudo llegar hasta el trono.
En el año 1512, tras las denuncias de Montesinos sobre las primeras encomiendas, se promulgaron las Leyes de Burgos, que intentaron regular la institución y establecieron garantías para los indios, ordenando que debían recibir un trato justo, una retribución equitativa y que el encomendero tenía que cumplir la obligación de evangelizarlos. En los años sucesivos hubo que regular más y sobre nuevas situaciones de explotación.
En 1527 se estableció la supervisión religiosa para la creación de nuevas encomiendas. Los religiosos debían determinar si a un grupo concreto de indios les beneficiaría entrar en una encomienda o no.
El más importante cambio de la situación jurídica de los indios llegó con las Leyes Nuevas de 1542. Los indios pasaron a ser plenamente súbditos de la Corona. Esta decisión provocó que se ordenara que no se creasen nuevas encomiendas y que las existentes se extinguiesen con el fallecimiento del encomendero. Quedaban suprimidas las encomiendas vinculadas a la Corona y la Iglesia. Se limitaron y disminuyeron los tributos que debían pagar los indios. Quedó prohibida cualquier tipo de esclavitud. Tampoco se podían imponer trabajos forzosos a los indios. El emperador se implicó en estos cambios y ordenó a los virreyes una especial atención para que se cumpliese la nueva legislación. El choque entre los intereses de los encomenderos y el celo de las autoridades provocó fuertes conflictos, hasta una guerra en Perú.
En algunos lugares las encomiendas continuaron en el siguiente siglo, aunque con el tiempo entraron en decadencia y fueron abolidas definitivamente en el siglo XVIII.
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