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Existen dos razones para que la guanina le confiera mayor estabilidad a la molécula de ADN.
En primer lugar, la unión de la Guanina con la Citosina cuenta con tres enlaces de hidrógeno, a diferencia de la unión doble de Adenina con Timina. Los enlaces de hidrógeno triple son más estables que los dobles.
La segunda razón es la capacidad de la guanina de formar una estructura cuadruple. Esto se basa en la estabilidad de la estructura del ADN proporcionado por la reunión de cuatro moléculas de guanina, formando un complejo de cuatro bases, que forman puentes de hidrógeno en unión a un ión metálico. Esta estructura se denomina estructura cuadruple -G- estable.
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