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A partir de 1810, el movimiento independentista pasó por varias etapas, pues los sucesivos líderes fueron puestos en prisión o ejecutados por las fuerzas leales a España. Al principio se reivindicaba la soberanía de Fernando VII sobre España y sus colonias, pero los líderes asumieron después posturas más radicales, incluyendo cuestiones de orden social como la abolición de la esclavitud. José María Morelos y Pavón convocó a las provincias independentistas a conformar el Congreso de Anáhuac, que dotó al movimiento insurgente de un marco legal propio. Tras la derrota de Morelos, el movimiento se redujo a una guerra de guerrillas. Hacia 1820, solo quedaban algunos núcleos rebeldes, sobre todo en la sierra Madre del Sur y en Veracruz.
La rehabilitación de la Constitución de Cádiz en 1820 alentó el cambio de postura de las élites novohispanas, que hasta ahí habían respaldado el dominio español. Al ver afectados sus intereses, los criollos monarquistas decidieron apoyar la independencia de Nueva España, para lo cual buscaron aliarse con la resistencia insurgente. Agustín de Iturbide dirigió el brazo militar de los conspiradores, y a principios de 1821 pudo encontrarse con Vicente Guerrero. Ambos proclamaron el Plan de Iguala, que convocó a la unión de todas las facciones insurgentes y contó con el apoyo de la aristocracia y el clero de Nueva España. Finalmente, la independencia de México se consumó el 27 de septiembre de 1821.
Tras esto, Nueva España se convirtió en el Imperio Mexicano, una efímera monarquía católica que dio paso a una república federal en 1823, entre conflictos internos y la separación de América Central.
Después de algunos intentos de reconquista, incluyendo la expedición de Isidro Barradas en 1829, España reconoció la independencia de México en 1836, tras el fallecimiento del monarca Fernando.