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Las Juntas del Gobierno fueron organismos políticos que surgieron en las colonias que la monarquía absoluta española poseía en América en el siglo XIX a semejanza de la península frente a la crisis de la monarquía por las abdicaciones de Bayona de Fernando VII y su padre Carlos IV<< la invasión del reino de España por Napoleón Bonaparte (1808). Las provincias de Ultramar reaccionaron en forma muy semejante a los reinos metropolitanos, a través del derecho tradicional, revirtieron el gobierno del rey a la comunidad. Estaban en contra de la corona; sin embargo, las juntas hispanoamericanas no aceptaron subyugarse al gobierno de la Regencia española reducida a la ciudad de Cádiz, y con el triunfo en su seno del ideario de la revolución estadounidense y francesa se transformaron en los movimientos de independencia hispanoamericanos.
Había dos posiciones predominantes en Hispanoamérica. Los españoles, particularmente los altos funcionarios de gobierno y clero, fueron partidarios de que la situación de gobierno se mantuviera, continuando en sus cargos los virreyes y gobernadores y otras autoridades, bajo la supremacía del Consejo de Regencia con sede en Cádiz. Por otra parte, los criollos y algunos españoles, postularon la formación de juntas de gobierno, un fenómeno a veces denominado juntismo, por cuanto consideraron que la Regencia solo tenía validez para el pueblo que lo había generado y que su autoridad no era extensiva a América. A su vez, esgrimieron el argumento escolástico de que las colonias o reinos americanos eran entidades político-administrativas independientes de las existentes en la España europea, porque habían quedado vinculadas jurídicamente a la Corona de Castilla mediante la Bula Inter caetera. Estando ausente el monarca, ellos tenían los mismos derechos de autogobierno, porque también se apoyaron en la doctrina tradicional del poder de las Siete Partidas, que en tales circunstancias les devolvía la soberanía para establecer el orden político que resultase más conveniente a sus intereses.
Por ello, en la mayor parte de los territorios hispanoamericanos, los criollos, a través de los cabildos, manifestaron sus intenciones y promovieron con éxito en la mayoría de los casos la instauración de juntas de gobierno locales fieles a la persona de Fernando VII (pero no al gobierno nacional español o francés), a quien reconocían como legítimo soberano. Entre 1808 y 1810, se constituyeron juntas en México, Montevideo, Chuquisaca, La Paz, Quito, Caracas, Buenos Aires, Santa Fe y Santiago. Algunas de ellas fueron efímeras, otras perduraron en el tiempo, pero en sus inicios ninguna tuvo carácter separatista. Con el triunfo en su seno de las ideas liberales y republicanas venidas de Estados Unidos y Francia se transformaron en el conjunto de reformas políticas, económicas y administrativas que condujeron finalmente a la independencia de Hispanoamérica...
Los aristócratas de la ciudad fuerzan al virrey Antonio José Amar y Borbón a presidir inicialmente la junta hasta que un rumor que le acusaba de querer deponerla, hizo que lo obligaran a dimitir el día 26. Para coordinar el movimiento juntista, el 22 de diciembre se realizó en Bogotá un Primer Congreso pero con representantes solo de Santafé, Mariquita, Neiva, Pamplona, Socorro y Nóvita –estas dos últimas en disputa con Mompox y Sogamoso respectivamente, que querían su propia representación en el Congreso–. Quedaron fuera Cauca, Antioquia, Cartagena y Tunja. Al no haber acuerdo se volvió una Junta Suprema leal a la monarquía nominalmente (19 de enero de 1811), pero los republicanos se imponen con una constitución el 4 de abril. Así nace el Estado Libre de Cundinamarca, de fuertes tendencias centralistas.5