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Los desechos de la salinera afectan al medio ambiente debido a que lo contaminan, en las salineras como en la mayoría de las actividades humanas de explotación para los recursos naturales se alteran los ecosistems, y las maquinarias utilizadas para el transporte y extracción de la sal emiten desechos toxicos como el CO2 que contaminan la atmosfera, las aguas y la tierra.
El hombre es casi siempre el causante de los daños ocasionados al medio ambiente, en este caso no es la excepción pues los constantes desechos salinos arrojados al agua acaban con la vida de muchos seres vivos que se encuentran en su ecosistema natural.
Los altos niveles de toxicidad de estos desechos producidos por empresas salineras no solo perjudican a los animales sino también a la vegetación, pero ademas de los derrames también causa grandes daños alterando los ecosistemas y cambiando los niveles de salinidad de las aguas. Esto ocasiona cambios en el estilo de vida de las especies obligándolas a adaptarse a estas nuevas condiciones .