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Hijo de Agustín Aguirre Aguirre y Antonia Ríos. Estudio la primaria en la Escuela de los Hermanos Cristianos, y la secundaria en el colegio "Bernardo Valdivieso". En 1921 ingreso a la carrera de jurisprudencia en la Universidad de Loja, finalmente se graduaría en leyes en 1930 en la Universidad Central de Quito. En 1925 forma parte de la célula socialista La Vanguardia que adhirió al Primer Congreso Socialista en 1926.2 En 1931 contrajo matrimonio con Teresa Borrero Riofrío, también en este año se publicó su primer libro de poesía titulado Poemas Automáticos, al que seguirían en 1935 Llamada de los Proletarios y Pies Desnudos.3
Desde mediados de la década de 1930 se instala con su familia en Quito, donde se dedica al libre ejercicio profesional de la abogacía e inicia su labor docente como profesor de Literatura Universal en el Instituto Nacional Mejía. A lo largo de su vida fue catedrático en varias escuelas y facultades de la Universidad Central del Ecuador como Jurisprudencia, Filosofía y Letras. Y en 1942 fue primer Decano de la Facultad de Ciencias Económicas de la misma universidad cargó que ocupó hasta 1950. En 1940 fue elegido Secretario General del Partido Socialista Ecuatoriano, siendo una figura destacada en la lucha contra el régimen de Carlos Alberto Arroyo del Río, teniendo que pasar hasta la Revolución del 28 de mayo de 1944 en la clandestinidad. Integro el Buró Político de la Alianza Democrática Ecuatoriana (ADE) en representación del socialismo, y como tal tuvo activa participación en la agitación política y organización de la Revolución del 28 de mayo.14 Tras el triunfo del movimiento revolucionario, formó parte de la Asamblea Constituyente en calidad de Representante Funcional de los Trabajadores fue elegido Primer Vicepresidente de la Asamblea.56
Fue expulsado del país tras el golpe de estado del 30 de marzo de 1946, permaneciendo en el exilio hasta su regreso el 31 de agosto para encabezar el XII Congreso del Partido Socialista (15 de noviembre del mismo año). En este Congreso, expondría su valoración sobre el triunfo y derrota de la revolución de 1944.
El golpe de estado del 30 de marzo constituye pues, la culminación de un largo proceso de lucha entre las fuerzas democráticas y revolucionarias y las fuerzas reaccionarias y contrarrevolucionarias...7
Aguirre se opondría a la política de participación en el gobierno de Galo Plaza de 1951 impulsada por el Secretario General socialista de entonces Luis Maldonado Estrada. Este sería el inicio de una larga disputa ideológica que llevaría a la división del Partido Socialista. En 1963 Manuel Agustín Aguirre, junto a Telmo Hildalgo encabezan la formación del Partido Socialista Revolucionario del Ecuador (PSRE).8
En 1969 con el apoyo de las fuerzas de izquierda es elegido Rector de la Universidad Central, desde donde impulsa el proceso de Segunda Reforma Universitaria, una de cuyas primeras medidas fue abolir los cupos y los exámenes de ingreso, instaurando el libre ingreso. La dictadura de José María Velasco Ibarra en 1970 le despojó del Rectorado, se negó a ir al exilio y estuvo encarcelado por tres meses. En 1979 se opuso al Plan de Retorno y a la promulgación de la ley de partidos que consideraba antidemocrática.9