Francisco pizarro derroto a diego de almagro
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El 6 de abril de 1538 Francisco de Pizarro derrotaba a su antiguo socio, Diego de Almagro, en la batalla de las Salinas. Poco después, Almagro sería juzgado y ajusticiado. Nada parecía apuntar a un desenlace semejante cuando Hernando Pizarro partió hacia España para entregar el quinto real del tesoro de Atahualpa. Llevaba un encargo de Almagro para el emperador, una gobernación propia similar a la de los Pizarro. Carlos le concedió 200 leguas al sur de las tierras del extremeño, que amplió con otras 70 leguas por sus méritos en la conquista. Al regreso de Hernando, Francisco Pizarro y sus hermanos siguieron conquistando y fundando ciudades, primero la riquísima Cuzco, de la que se hizo cargo como gobernador Almagro, y más tarde la ciudad de los Reyes, que será la capital Lima.
En abril de 1548 el propio Hernando comandaba el ejército de pizarristas que derrotaba a los «chilenos» en la batalla de las Salinas. Almagro fue sometido a un juicio que se prolongará por tres meses y arrastrará un sumario de más de mil folios. Será condenado a muerte y ejecutado pocos días después. La batalla de las Salinas abriría un periodo de pugnas civiles entre conquistadores que habría de durar quince años.