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La películas comienza en una amplia y espaciosa sala, donde reunidos alrededor de una mesa un grupo de sacerdotes debaten que hacer con los grabados perturbadores de un pintor español que circulan por Sevilla, Cádiz, Toledo incluso México hasta llegar a Roma, su nombre Francisco de Goya.
Todo parece indicar que es una reunión de la Santa Inquisición, se debate que hacer con los estos grabados, y se decide mostrar mayor severidad en los métodos de la iglesia contra el mal, y es el padre Lorenzo quien se ofrece para liderar esa batalla.
A continuación vemos a una bellísima Natalie Portman en el papel de Inés Bilbatúa, la hija de un comerciante sumamente rico, que está siendo pintada por Goya, más adelante veremos que también el padre Lorenzo está siendo pintado por este en el mismo taller. Este hecho hace que los dos coincidan y que sea el padre Lorenzo quien vea el cuadro de la bella Inés, y se dé cuenta de que su rostro también ha servido de modelo para uno de los ángeles de la capilla de la Florida, este hecho le lleva poner su atención sobre esta hermosa jóven.
María Luisa de Parma, reina consorte de Carlos IV también es pintada por el famoso pintor, esto denota lo poderoso e influyente de la clientela de este genio de la pintura del siglo XVIII.
En una de las escenas siguiente se puede observar al padre Lorenzo adoctrinando a un grupo de sacerdotes para que aprendan a reconocer a posibles herejes, judíos, protestantes y demás enemigos de la iglesia, en medio de su charla habla sobre las ideas de Volteire al respecto de la materia y su composición, les habla de que este hereje enseña que la materia se compone de pequeñas partículas llamadas átomos, y hasta le llega a llamar “el oscuro príncipe de oscuros principios”.