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En 1817 San Martín inicia una guerra contra los españoles desde Chile. Su plan se denominó 'Plan Continental', por medio del cual debía liberar a Chile, cruzando los Andes, y desde allí por barco se dirigiría hasta el Perú donde también los libertaría.
En Mendoza armó su ejército con el apoyo de toda la ciudadanía. Obtuvo gran ayuda y colaboración de Martín de Pueyrredón en el Directorio. Le enviaron dinero, armas , ponchos, frazadas, hombres negros (esclavos).
En enero de 1817 comenzó la travesía con un ejército de 5,000 soldados y unos 1,000 animales entre caballos y mulas. Cruzó la cordillera por el paso de los Patos y Uspallata. Las tropas estaban a cargo de Soler, O'Higgins, San Martín y Las Heras.
Otras tropas menores (unos 800 soldados) cruzaron los Andes por otros sitios, para tratar de confundir al enemigo.
Al llegar a Chile tuvo una importante victoria, la de Chacabuco, que le permitió entrar en Santiago, allí O'Higgins fue nombrado Director de Chile (San Martín había rehusado anteriormente el mismo cargo).
Luego fue derrotado por los realistas en Cancha Rayada, pero más tarde venció al enemigo en la batalla de Maipú. Con el apoyo de O'Higgins armó una flota naval con barcos ingleses y con la jefatura de militares irlandeses como Cochrane.
En junio de 1820 partió hacia Perú, desde Valparaíso con 4,500 hombres, 14 barcos y 8 naves de guerra. En 1821 San Martín proclamó la independencia del Perú, donde fue nombrado Protector.
En 1822 renuncia a su cargo de Protector, regresa a Chile y permanece allí 3 meses para restablecerse de su salud, después va a Mendoza, donde es informado de la muerte de su esposa en Buenos Aires.
Como la situación del país era bastante grave, y los caudillos provinciales iban tomando día a día mayor poder, San Martín decide alejarse de la patria.
Se fue a vivir con su hija Merceditas a Francia, y permaneció allí hasta su muerte, el 17 de agosto de 1850. Treinta años más tarde sus restos fueron repatriados por el gobierno argentino y depositados en el mausoleo de la Catedral de Buenos Aires.