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Al principio, la Iglesia católica no dio demasiada importancia a las ideas de Lutero, ni a sus ataques contra la doctrina de salvación por las obras, pero muy pronto tuvo que reaccionar ante las noticias que llegaban de Alemania, de que gran parte de la gente estaba desafiando la autoridad del papa.
Lutero continuó atacando las indulgencias y la doctrina que sustentaba tal práctica mediante escritos que la imprenta difundía por toda Alemania. Lutero hacía un llamado a la nobleza alemana para que negase obediencia al papa y apoyase la formación de una Iglesia alemana; afirmaba también que, de acuerdo a la Biblia, todos los cristianos eran sacerdotes sin necesidad de ninguna ordenación especial y negaba la jurisdicción suprema del papa sobre la cristiandad universal. Lutero criticaba así mismo los sacramentos de la Iglesia católica, reduciéndolos a solo dos, que él pensaba eran bíblicamente fundamentados y afirmaba también que los poderes civiles debían tener plena autoridad política sobre la Iglesia católica. Esto iba más allá de la doctrina de la salvación por la fe y suponía una auténtica amenaza para el catolicismo. Finalmente, el papa declaró a Lutero un hereje y lo excomulgó, es decir, lo declaró separado de la comunidad de la Iglesia católica.