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A los nueve años llegó a Independiente, luego de destacarse en las canchas de baby fútbol jugando para los equipos de Loma Alegre y Los Primos. Así, el Kun cumplía uno de sus sueños: jugar en el club del que era hincha.
Unos años más tarde, tal vez mucho antes de lo esperado, iba a cumplir otro: debutar en la Primera. Tenía apenas 15 años, un mes y tres días cuando Oscar Ruggeri, por entonces DT del Rojo, lo hizo entrar por Emanuel Rivas a 21 minutos del final del partido contra San Lorenzo.
De esta manera, Agüero batía la marca de Diego Armando Maradona y se convertía en el futbolista argentino más joven en debutar en un partido oficial de Primera División. Aunque después pasarían siete meses hasta ser tenido en cuenta nuevamente para el primer equipo, Agüero ya había demostrado grandes condiciones y asomaba como una nueva figura del fútbol argentino.
En el segundo semestre de 2005 finalmente explota y pasa de ser promesa a realidad. Enseguida llegan las ofertas de Europa y es finalmente el Atlético de Madrid quien se lleva a la "joya" a sus filas.