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Un microscopio óptico compuesto es el que dispone de varios lentes que permiten a su vez ver las estructuras a varios aumentos, y la diferencia fundamental que existe con respecto al estereomicroscopio es la configuración y la resolución de la imagen de estas estructuras: con el microscopio compuesto se observan estructuras en dos dimensiones, mientras con el microscopio estereoscópico pueden apreciarse en forma tridimensional.
Aunque un microscopio esteresocópico cuenta con elementos propios del microsocopio convencional, su finalidad es distinta, ya que permite no sólo la observación sino también la manipulación de la muestra, evidenciandose detalles que no son posibles apreciar con un microscopio óptico común. Es por eso que también se le denomina microscopio de disección, por permitir entrever estos detalles.