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Entre los factores que determinaron la guerra de los mil días podemos iniciar con los siguientes, primero que todo, El siglo XIX fue un siglo lleno de conflictos violentos entre conservadores y liberales. A lo largo de que se fueron desarrollando los partidos, estos sucitaron grandes conflictos en el territorio Colombiano. La constitución de Rionegro que lidero a un gobierno federal sembró cada vez más las distinciones tanto entre los partidos, como entre los mismos estados que en ocasiones tenían ejércitos muchos más grandes que los del gobierno central. Bajo esta situación llena de conflictos sociales y guerras civiles, se creó la constitución del 1886 que pretendía al contrario de la constitución anterior un estado Central y fuerte, en este año en el cual se suprimió la Constitución de 1863 (que revelaba los excesos del federalismo durante el periodo de los radicales) comenzaran a verse los primeros signos que desembocarían en el conflicto armado.
El factor detonante de la guerra, fue sencillamente el enfrentamiento entre las ideologías de liberales y conservadores, tanto entre ellos como dentro de sus respectivos partidos, en la cual se trataba de obtener el control del país
Con la época de la Regeneración y la aplicación de la Constitución de 1886, el régimen centralista no hizo sino agravar los problemas políticos de los cuales algunos departamentos no tardaron en sentir su malestar frente al gobierno central. En el campo económico, las decisiones políticas también provocaron su inestabilidad.
A ello se le agrega las dificultades de gobernabilidad del presidente Manuel Antonio Sanclemente, quién por esas circunstancias tenia una amplia edad fuera de estar muy enfermo para gobernar. Sumado a las revueltas en su contra y el creciente desorden económico que amenazaba al déficit extremadamente crónico.
Fue sin duda la conflagración más larga y cruenta, y la de más devastadores efectos de la economía nacional. Jorge Holguín, estimaba en 180.000 el número de muertos (en 1900 el número de habitantes de Colombia era aproximadamente igual a 4.900.000 ) y en 25 millones de pesos oro los costos ocasionados por la contienda, aparte de lo que significaba para la producción la leva de hombres, la interrupción de los transportes y el abandono de los campos en las regiones azotadas por la guerra.