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Elegido presidente de la República para el cuatrienio 1926-1930, llegó a la primera magistratura postulado como candidato único del partido conservador y sin que el partido liberal participara en la contienda electoral.
La negativa de esta última colectividad a contribuir con una cuota en el gobierno, convirtió a la administración Abadía en un gobierno hegemónico. Su gestión estuvo caracterizada por problemas económicos de gran magnitud: tuvo que recurrir a un empréstito por 10 millones de pesos para no detener las obras públicas más importantes, y posteriormente, abrió una licitación para un nuevo préstamo público de 60 millones de pesos, otorgada a una firma norteamericana.
En 1928 su gobierno firmó otro empréstito por 35 millones, destinado a atender diversas obras de infraestructura, como ferrocarriles, carreteras y puertos; y hacia 1929 le correspondió enfrentar la recesión económica mundial que afectó gravemente a Colombia y amenazó con una parálisis financiera y de la producción.
Al igual que su antecesor, el general Pedro Nel Ospina, Abadía usó el recurso de las misiones extranjeras para hacer reformas a las instituciones.
El presidente Abadía Méndez tuvo que enfrentar las huelgas, que poco después se convertirían en revueltas provocadas por los dirigentes sindicales de compañías agrícolas.
Una de las más conocidas fue la de la compañía United Fruit Company, que dio paso a la represión de las fuerzas del estado conocida como la masacre de las bananeras del 6 de diciembre de 1928.
Este tipo de represiones fueron adoptadas por el gobierno de Abadía ya que desde hace muy poco tiempo (específicamente desde la administración de Marco Fidel Suárez al aprobar la ley de huelgas), los obreros y campesinos se unían para hacer exigencias al gobierno, y este a su vez no sabía cómo proceder ante las multitudes. Se sumaba además la desconfianza que producía en el gobierno el hecho de que la ideología comunista se instalara en el país, ideología base de muchos de los líderes de las huelgas.
Las relaciones internacionales en su administración ocuparon un sitio destacado; Abadía logro poner fin a tres cuestiones diplomáticas que afectaban a Colombia: con el canje de ratificaciones del tratado Lozano-Salomón (firmado en marzo 24 de 1922, ratificado en marzo 19 de 1928) quedaron normalizados los límites con el Perú; los del Brasil, con el tratado firmado entre el canciller brasileño Octavio Mangabeira y el ministro plenipotenciario por Colombia en Río de Janeiro, Laureano García Ortiz (noviembre 15 de 1928); y en el tratado Esguerra-Bárcenas (marzo 24 de 1928), firmado con Nicaragua, se ratificó la soberanía colombiana sobre el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, donde también se indica que Colombia reconoce la soberanía de Nicaragua sobre la costa de Mosquitos.
En 1929 se fundó la Federación Nacional de Cafeteros.
Abadía Méndez fue el último presidente de “La Hegemonía Conservadora”, ya que al final de su gobierno el partido conservador se encontraba dividido, lo cual permitió el triunfo del candidato liberal Enrique Olaya Herrera.
Después de la presidencia se dedicó a actividades personales. Murio a los 71 años en La Unión, Cundinamarca, lugar donde se hallaba su finca de recreo.