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Como está claramente prescrito en la Recopilación de las leyes de los Reinos de Indias, específicamente en la Séptima Ley en su título XV, del segundo tomo o libro, el Presidente de la Audiencia de Guadalajara ejercerá la gobernación de su distrito e impartirá justicia, junto con los jueces oídos que a su vez actuarán como alcaldes, fiscales y ministros del Presidente en lo relativo al orden judicial.
El Presidente tenía la potestad para administrar la justicia ordinaria, la intendencia de hacienda y la justicia militar, lo que le daba un poder que casi ningún otro magistrado del Virreinato poseía.
Esta Audiencia era el centro de un gran distrito judicial y su Presidente, además del gobierno legal, también ejercía actuaciones policiales y de orden público, además de la indagación fiscal y el nombramiento de funcionarios con propósitos claramente policiales.