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El intestino grueso (o colon) es la última estructura en procesar los alimentos. Éste recibe las sustancias indigestibles del intestino delgado, absorbe el agua y deja los productos de desecho llamados heces. Las heces se expulsan del cuerpo a través del recto y el ano
Tras unas dos horas desde la ingesta, el quimo llega al intestino grueso donde ya no es procesado en esta última etapa de la digestión, el intestino grueso se limita a absorber los minerales, el agua y las vitaminas (K y B12) que son liberadas por las bacterias que habitan en el colon.
Aquí se libera metano en forma gaseosa cuando convierte el almidón y sus derivados en glucosa para ser absorbida. Gran parte del metano gaseoso es absorbido en forma de cadenas de ácidos grasos o expulsados en flatulencias.
El intestino grueso también compacta las heces, y almacena la materia fecal en el recto hasta que es expulsada a través del ano.