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La tensión entre Buenos Aires y la Confederación aumentó a medida que se acercaba el final del mandato constitucional del presidente Urquiza. Los porteños se proponían lograr la incorporación de las provincias interiores a un Estado centralizado por Buenos Aires, y establecieron alianzas para que quien fuera elegido nuevo presidente de la Confederación favoreciera ese objetivo. La intervención del gobierno federal obstaculizó las negociaciones y estalló el conflicto
Valentín Alsina —gobernador de Buenos Aires desde 1857— estableció un decreto que afectó todavía más el comercio de la Confederación: estableció que los productos del interior serían tratados en Buenos Aires sin ninguna diferencia con las mercaderías extranjeras. Como respuesta, en mayo de 1859, el Congreso autorizó a Urquiza a “resolver la cuestión de la integridad nacional respecto de la provincia disidente de Buenos Aires por medio de negociaciones pacíficas o de la guerra, según lo aconsejaran las circunstancias. El 23 de octubre de 1859, el ejército confederado y el porteño se enfrentaron en Cepeda, y Urquiza obtuvo la victoria.
Después de la renuncia de Alsina —condición impuesta por Urquiza—, el 11 de noviembre de 1859, en San José de Flores, ambas partes firmaron un pacto. Buenos Aires se declaraba parte de la Confederación y se obligaba a aceptar y jurar solemnemente la Constitución Nacional de 1853, pero luego de que una Convención Provincial propusiera las reformas que la provincia consideraba indispensables. Urquiza aceptó que las reformas propuestas fueran tratadas por una Convención Nacional convocada al efecto, con la condición de que Buenos Aires enviara sus diputados y aceptara la decisión de la Convención como definitiva.
En mayo de 1860, Mitre fue elegido gobernador de Buenos Aires y, desde ese cargo, desarrolló una política favorable a la unión. Pero el conflicto profundo entre Buenos Aires y la Confederación todavía no había sido resuelto
Buenos Aires se había comprometido —por el Pacto de San José de Flores— a respetar la elección de Santiago Derqui como nuevo presidente de la Confederación. Pero en los meses que siguieron a Cepeda, el gobierno porteño aprovechó las fisuras entre Derqui y Urguiza y reinició las negociaciones con las provincias interiores. Finalmente, las luchas desatadas para imponer los diputados de cada grupo hicieron fracasar la reunión de la Convención, y comenzaron los preparativos para la guerra
El 17 de noviembre de 1861, los dos ejércitos se enfrentaron cerca del Arroyo del Medio, en los campos de Pavón. El combate terminó sorpresivamente cuando Urquiza se retiró del campo de batalla sin haber sido vencido por el ejercito de Mitre