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Todos los tipos de organización constan de unos orificios microscópicos de entrada de agua, llamados ostiolos, y unos conductos mas o menos ramificados que desembocan a través de prosópilo (orificio de entrada en la cámara flagelada) en las cámaras coanocitarias, cavidades pseudoesféricas, alargadas o ramificadas. Estas cámaras, formadas básicamente por coanocitos, desembocan a su vez a través de otro orificio llamado apópilo (orificio de salida) en los conductos exhalantes. Éstos conductos se abren directamente a un atrio o espongocele, que se trata de una amplia cavidad interna que se abre al exterior mediante el ósculo, que es un orificio macroscópico por el que el agua retorna al exterior.
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