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La convocatoria de Túpac Amaru II buscó integrar a indígenas, criollos, mestizos y libertos negros en un frente anticolonial, pero no pudo evitar que la masificación del movimiento convirtiera el accionar en una lucha racial contra españoles y criollos (en general, en el Virreinato, los criollos no tenían en su actuar antagonismos con los españoles, siendo como mucho contrarios a las reformas borbónicas pero fieles a la corona en los demás aspectos). Su movimiento tuvo dos fases:
Tras ser capturado el 6 de abril de 1781, fue llevado a Cuzco encadenado y montado en una mula. Ingresó a la ciudad una semana después, «con semblante sereno» mientras las campanas de la Catedral repicaban celebrando su captura. Apresado en el convento de la Compañía de Jesús, fue sucesivamente interrogado y torturado al límite del fallecimiento, con el objetivo de arrancarle información acerca de sus compañeros de rebelión en Cuzco y otras ciudades, y de sus ejércitos que aún conservaban grandes territorios. Torturas que fueron inútiles ya que no dio confesión alguna. Más bien trató de enviar mensajes escritos con su propia sangre, pero estos fueron interceptados. La madrugada del 29 de abril a causa de los rigores del tormento le fracturaron el brazo derecho.