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Su religión fue muy organizada alrededor de un conjunto de dioses, templos y un grupo sacerdotal encargado del culto, sus principales deidades estaban alrededor del SOL (SUE),la LUNA (CHIA) yel agua. Creían en Chiminigagua, el dios creador y autor de la luz; creían en Bachué, la diosa madre del género humano; en
el dios civilizador BOCHICA, quien les enseñó las artes y oficios. Otros dioses muiscas fueron Huitaca, Nencatacoa, Chaquén, Cuchavira Chibchacum, y otros. Respetaban profundamente los lagos, las montañas y las rocas. Consideraban que los espíritus están vinculados a los fenómenos
físicos, los ríos, las montañas y las lagunas.
Los sacerdotes muiscas, llamados Xeques se educaban durante 12 años en Los Cucas, que eran Seminarios dirigidos por los ancianos. Adoraron
al Sol en Tunja en el Templo de Goranchacha y en los Cojines del Zaque. Utilizaron los tunjos como afrendas a sus dioses. Conocieron la técnica
de momificación de los muertos, principalmente sus caciques. Dada su trascendencia, se considera que el Pueblo Muisca o Chibcha alcanzó el grado de desarrollo cultural más importante entre los aborígenes de Suramérica Septentrional.