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La prédica de Túpac Amaru se esparció más al sur del Cuzco en la región cercana al lago Titicaca en el Alto Perú, entonces perteneciente al virreinato de Buenos Aires. Allí se produjo otro alzamiento en diciembre de 1780, liderado por Túpac Katari, que fue ayudado por un primo de Túpac Amaru llamado Diego Cristóbal Túpac Amaru. Esta rebelión se benefició con la incorporación de las fuerzas remanentes que habían sobrevivido a la captura de Túpac Amaru. Katari sitió La Paz durante seis meses en 1781 con sus pobremente organizadas fuerzas que alcanzaban el número de 40 000,23 en su mayoría , falleciendo 15 000 a 20 000 personas, pero fue capturado y ejecutado en noviembre de 1781. Sin embargo Diego Cristóbal Túpac Amaru (primo de Tupac Amaru II) continuó con la rebelión hasta el 15 marzo de 1783, fecha donde fue capturado y condenado a la pena capital con atenaceado, que se arrancara la carne con tenazas al rojo vivo. Con este, la sublevación de los indígenas terminaría .