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En 1808 la monarquía española entra en un momento crucial. Ante la ineptitud de Carlos IV y la impopularidad de su ministro Manuel Godoy, su hijo Fernando VII, con el apoyo popular, aspiraba al trono. Napoleón Bonaparte, por su lado, aprovechó estas circunstancias para intervenir en España. Debido a esto, no se hicieron esperar los levantamientos populares y aparecieron, como solución al vacío de poder, juntas de gobierno, que se unificaron finalmente en la Junta Suprema de Aranjuez, establecida en septiembre de 1808.
Esta conformación de juntas de gobierno se adoptó, a todo lo ancho del Imperio, como respuesta a la usurpación de Bonaparte. Así ocurrió en Cartagena, en mayo de 1810, y en Bogotá, el 20 de julio del mismo año, cuando se constituyó una junta provisional presidida temporalmente por el Virrey.
El ejemplo no tardó en seguirse en Antioquia. El gobernador era entonces don Francisco de Ayala, quien, tan pronto llegó la noticia de los sucesos de Bogotá, conocidos hacia el 9 de agosto en Rionegro, se fue plegando a las presiones de los criollos y aceptó la instalación de un congreso provisional de delegados de los cuatro cabildos de la provincia (Santa Fe de Antioquia, Medellín, Rionegro y Marinilla). Este congreso se reunió entre el 30 de agosto y el 7 de septiembre, y decidió entregar el poder a una Junta Superior, cuyo presidente sería justamente Ayala. Este gobernó unos pocos meses y fue reemplazado por una serie de gobernadores que ejercieron su cargo muy poco. En enero de 1812, bajo la presidencia de Juan Carrasquilla, se reunió la primera Asamblea Constituyente del Estado, y expidió la primera constitución, que daba el voto a los varones libres que fueran padres de familia, vivieran de sus rentas o sus trabajos, y no dependieran de otros.
En 1813 los patriotas locales comenzaron a temer que los españoles los atacaran desde Popayán, y decidieron nombrar al momposino Juan del Corral como dictador, para preparar la defensa de la región. Del Corral proclamó, el 11 de agosto de 1813, la independencia absoluta de Antioquia. Pidió además a la legislatura la aprobación de una ley según la cual los hijos futuros de las esclavas serían libres: la ley de libertad de partos.
Los españoles finalmente intentaron reconquistar la provincia en 1815, y lo hicieron sin encontrar mayor resistencia. Las ciudades se sometieron al rey, y la reconquista, en esta región, no vio las ejecuciones y las represalias sangrientas de otros lugares del país.
Derrotados los españoles en la Batalla de Boyacá, Bolivar mandó al coronel José María Córdoba a recuperar la provincia. Después de algunas escaramuzas, la batalla de Chorros Blancos, el 12 de febrero de 1820, marcó el fin del dominio español en Antioquia.