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Una semilla dispone de un embrión pluricelular con una raíz, tallo y hojas embrionarias. Las esporas, sin embargo, están formadas por una sola célula.
La semilla también dispone de endospermo, que es un tejido cuya función es de nutrición para los momentos breves del desarrollo. Las esporas tienen poco almacenamiento alimenticio.
Una semilla también dispone de protección, que son las cubiertas, mientras que las esporas prácticamente no disponen de ella.
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