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Entre las causas de esta guerra estaba la oposición de los liberales al gobierno de la Regeneración y el rechazo de la Constitución de 1886 que consideraban autoritaria.
En ese momento, el partido conservador seguía siendo ilegítimo en el poder a través del presidente Manuel Antonio San Clemente y el vicepresidente Manuel Marroquín.
La guerra comenzó en el departamento de Santander y rápidamente se extendió al resto de Colombia.
Puesto que Panamá era parte de la Gran Colombia, el conflicto militar también apareció allí, sin embargo, no fue una guerra impuesta desde lejos, ya que también había profundas diferencias entre los liberales locales y las facciones conservadoras.
Es importante resaltar que todas las causas de la guerra fueron políticas, no fue una guerra para defender la nación o una región. Además ésta dividió familias y amigos, hasta extenderse a razones económicas.
Una gran causa de la guerra para el Partido Liberal consistió en que eran propietarios de plantaciones de café y comerciantes, los que estaban a favor de una política gubernamental que tenía menos regulaciones y tarifas más bajas.
Pero como resultado de un gobierno conservador que estaba en el poder, esta facción fue en gran medida excluida del proceso de toma de decisiones.
El Partido Conservador, al ganar las elecciones celebradas en 1885, supuestamente por medios fraudulentos creó otro factor que desencadenó la guerra, ya que los liberales no aceptaban al presidente electo, como legítimo.
Cuando los ingresos de aduanas disminuyeron, el gobierno emitió billetes de divisas, sin respaldo suficiente y el valor del peso se estrelló, causando una crisis económica, llevando a los liberales a la violencia de la guerra.
Se prometieron reformas y amnistía, pero al no ser cumplidas, se alargó el conflicto a los casi dos años y medio (1000 días), el partido liberal se sabía perdedor, pero no quería claudicar por sentir una opresión tan fuerte de parte del partido conservador.