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El flujo de energía es la acción por el cual se transforma la energía y es adquirida por otro organismo. Por ejemplo, una planta adquiere energía solar, al ser consumida por un consumidor entonces la energía se transforma y pasa a otro organismo vivo. Ahora, el flujo de materia es la capacidad de transportar nutrientes, por ejemplo, existen ciclos biogeoquímicos que transportan nutrientes. De esta manera se diferencian.
Otra diferencia es que la energía es una cualidad no observable mientras que la materia se puede observar en las diferentes cadenas tróficas.
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