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San Martín se vio preocupado por los acontecimientos que venían produciéndose, entre ellos la fuerte resistencia de los ejércitos del virrey en el sur andino por lo que trató de entrevistarse con Simón Bolívar, para formar un Frente único de Liberación del oprobio español.
El 19 de Enero de 1822, dejando al mando al Mariscal José Bernardo Torre Tagle, Marques de Torre Tagle, se dirigió a Guayaquil para reunirse con Simón Bolívar el 26 de julio de 1822, llevándose a cabo la Conferencia de Guayaquil. No se sabe a ciencia cierta qué se dijo en la entrevista, solamente existe la presunción de que se trató los siguientes temas:
El destino de Guayaquil.
La Ayuda de Bolívar para lograra la independencia definitiva del Perú.
La forma de gobierno que debía adoptar las nuevas repúblicas americanas.
La definición de los límites del Perú y Colombia o el reemplazo de los soldados peruanos muertos en Pichincha.