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En la Amazonía peruana se han registrado 64 tribus y sub-tribus de seres humanos nativos y aborígenes, agrupados en 15 familias lingüísticas y 43 dialectos diferentes.
En la zona nororiental del Perú, entre 1638 a 1769 varias tribus indígenas fueron trasladadas a asentamientos conocidos con el nombre de "reducciones", administrados por los misioneros jesuitas, pertenecientes a la orden religiosa de la Compañía de Jesús. En muchas ocasiones las reducciones debían ser reubicadas, a veces a muchos kilómetros de distancia de su locación original, pero solían conservar su nombre. Igualmente los misioneros trasladaban a grupos de una etnia determinada para colocarlos junto a otras en algún otro pueblo. En ese periodo de tiempo los jesuitas fundaron varias reducciones: Juan Nepomuceno de Iquitos y Santa Bárbara de Iquitos en 1740, San Sebastián de Iquitos en 1742 y Sagrado Corazón de Jesús de Maracanos en 1748, todos fundados por el padre José Bahamonde; Santa María de Iquitos fue fundada por el padre Uriarte en 1754; San Javier de Iquitos por el padre Palme en 1763 y San José de Iquitos fundada por el padre Uriarte en 1767, año en que los jesuitas son obligados a retirarse de las colonias hispánicas.
Las comunidades nativas han mantenido gran difusión de la medicina folclórica y el curanderismo en base a su enorme conocimiento de la gran cantidad de plantas medicinales que existen en la Amazonía, por lo general tienen gran dominio del uso curativo de las plantas y hierbas como en rito medicinal del ayahuasca. En adición mantienen sus danzas, música y costumbres ancestrales.
Existen grupos o tribus como los jíbaros (otrora temibles reductores de cabezas), los capanahuas, boras, yaguas, huitotos, ocainas, mayorunas, remiyacus, cocamas, entre otros. Cada uno de estos grupos normalmente mantienen como zona de dominio o influencia territorios que pertenecen a la cuenca de un determinado río. Algunas de las zonas en que habitan están consideradas entre las áreas naturales protegidas del Perú.
En los bosques cercanos a la ciudad de Iquitos habitan tribus selváticas como Boras, Yaguas, Capanahuas, Huitotos y Cocamas, casi todos ellos incorporados a la civilización por misioneros evangélicos. Algunas comunidades se han afincado en pueblos como los Cocama Cocamilla en Santo Tomás y Padre Cocha.
Muchas de estas comunidades nativas reciben turistas en sus poblados, en donde hacen una demostración de sus danzas y música, y venta de sus artesanías. Algunas están ofreciendo el servicio de alojamiento y alimentación para aquellos visitantes que deseen convivir con ellos y tener una experiencia de turismo vivencial