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La benéfica puede permanecer dentro del organismo como comensal o saprofita sin producir enfermedad. En cambio la patógena al ingresar en el organismo puede alterarlo y generar enfermedad.
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La enfermedad bacteriana más común es la tuberculosis, causada por la bacteria Mycobacterium tuberculosis, causante de aproximadamente más de 2 millones de muertes de personas, en un año, mayoritariamente en la región del África subsahariana. Las bacterias patógenas contribuyen a otras enfermedades globales importantes, tales como la neumonía, la cual puede ser causada por bacterias como Streptococcus y Pseudomonas, y enfermedades asociadas con alimentos, que pueden ser causadas por bacterias como Shigella, Campylobacter y Salmonella. Las bacterias patógenas también causan infecciones tales como tétanos, fiebre tifoidea, difteria, sífilis, gonorrea y lepra.
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