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Hay grupos de historiadores que se han encargad de analizar el hecho histórico, a partir del cual han afirmado que San Martín quiso tomar los colores de Argentina (blanco) y de Chile (rojo), debido a que ambos países formaban parte del ejército liberador.
Otra teoría afirma que San Martín eligió esos colores luego de observar a los flamencos (parihuanas), unas aves acuáticas de cuerpo alargado, esbelto y con plumas de color blanco con manchas rojas y negras. Estas aves abundan en la Bahía de Paracas y volaban sobre la escuadra libertadora al momento de su desembarco.
También se dice que la Bandera de Perú es roja porque fue el color de la guerra de los Incas y porque simboliza la sangre generosa de esos admirables héroes y mártires; mientras que el blanco de su franja central representa la pureza de sentimientos, la libertad, la justicia social y la paz.